Bray-Curtis NMDS（非度量多维尺度分析）是一种基于Bray-Curtis距离的降维分析方法，主要应用于生态学和生物多样性研究，用于揭示样本间的相似性或差异性。

输入文件要求
基因/物种/代谢物丰度表

• 文件格式：制表符分隔的文本文件（.txt/.tsv）

• 数据规范：

  • 首行为列名（样本名称）

  • 首列为行名（特征名称，如基因、物种、代谢物等）

  • 矩阵数值为特征丰度（建议标准化处理）

分组信息表
一个制表符分隔的文本文件，其中包含行名和列名，列名固定为（SampleID, Category）。第一列是样本名称，第二列是样本对应的组别。

输出

图中同组样本采用相同颜色和图案标识。样本点间距越近，表明物种组成结构越相似。因此，群落结构高度相似的样本会聚集在一起，而差异显著的样本则会彼此远离。

Stress值范围通常为0-1，数值越小表示降维数据对原始距离关系的保留越好：

• Stress < 0.1：拟合效果极佳

• 0.1 ≤ Stress < 0.2：拟合效果可接受

• 0.2 ≤ Stress < 0.3：拟合效果较差

• Stress > 0.3：拟合效果差，降维结果可能存在失真

F值反映组间差异（组间平方和）与组内差异（组内平方和）的比值。F值越大，表明组间差异相对于组内差异越显著。P=0.001表示置换检验中仅有0.1%的概率差异由随机因素导致，证明分组对样本间距离具有显著影响。

（注：图形解读时需结合统计指标，当Stress>0.3时建议改用PCA或其他方法；F值和P值需同时参考以判断分组显著性）