常见问题
请浏览以下FAQs，查找常见问题的答案。
通过将用户上传的基因组分别与ResFinder和VFDB数据库进行BLAST比对，预测微生物耐药和毒力基因。BLAST核苷酸一致性阈值为90%，覆盖度阈值为60%。
基于全基因组测序的细菌分型和溯源主要包括两种策略：SNP（基于全基因组）和cgMLST（基于等位基因）。
SNP方法通过将菌株与参考基因组进行比对，获取其单核苷酸多态性位点，以研究克隆群或高度相似的菌株之间的关系。
cgMLST方法是传统多位点序列分型（MLST）的扩展，将分析的基因范围扩展到全基因组水平。它是揭示细菌病原体中、长期进化历史的一种分析手段。
系统发育分群方案通常依据菌株之间的进化关系和亲缘关系来定义。在TracePatho中，该方案的实施具体遵循以下步骤：
首先，利用已发表文章中已确定分组的菌株作为基准，以现有的系统发育树拓扑结构作为参考；然后，基于这些参考信息，构建新的系统发育树或使用其他分析方法（如物种鉴定）对现有菌株进行深入分析；最后，根据分析结果，将菌株划分为不同的进化分支或谱系，以反映它们之间的进化关系和亲缘远近。
各物种的系统发育分群方案参考资料可在“溯源工具”页面获得。
我们将对用户上传的序列数据严格保密，并确保在48小时内自动删除。
请参考PubMLST数据库以获取更多信息。请注意，鲍曼不动杆菌、霍乱弧菌和大肠杆菌存在多个公开的MLST方案。在TracePatho中，我们使用巴斯德MLST方案分析鲍曼不动杆菌的ST型，使用Achtman MLST方案分析大肠杆菌ST型。
各物种cgMLST分析方案请参考PubMLST、Ridom和BIGSdb数据库，以获取更多详细信息。请注意，TracePatho中使用的猪链球菌cgMLST方案是我们团队开发的。