艰难梭菌是一种厌氧、能产芽孢的革兰氏阳性杆菌，广泛分布于自然环境中，能够在人体肠道内定殖和繁殖。
艰难梭菌感染（CDI）是一种常见的获得性院内肠道感染，其死亡率和发病率都很高，疾病的严重程度不断增加。临床症状包括中度腹泻、中毒性巨结肠、结肠穿孔，甚至死亡。2013年和2019年关于抗菌素耐药性报告中，美国疾病控制预防中心将CDI列为当前需应对的重大健康威胁。社区相关的CDI目前变得越来越频繁，且与动物和环境中的艰难梭菌有关。
万古霉素和非达霉素是治疗非重症CDI的一线治疗药，鉴于非达霉素可显著降低疾病复发率，传染病学会最新指南已将其列为优先推荐方案。
艰难梭菌与其他已知的梭菌不同，其种群遗传多样性高。基于MLST分型，艰难梭菌可分为八个单系群/分支。这些分支中的菌株在临床表征、微生物特性和生态学方面均呈现显著差异。CDI的发病机制与大型梭菌毒素（TcdA和TcdB）和二元毒素（CDT）（在部分菌株中）的表达有关，他们分别由两个独立的染色体位点PaLoc和CdtLoc编码。分支1（C1）包含200 多种产毒和非产毒序列类型，其中包括许多在全球范围内引起CDI的常见菌株，例如ST2、ST8和ST17。分支2（C2）中存在多种高毒力产CDT的菌株，包括与北美、欧洲和拉丁美洲医院CDI暴发事件相关的ST1菌株（RT 027）。2005年RT 027型菌株分别导致美国、加拿大51%和84%的CDI病例。目前，分支3（C3）的研究相对有限，尽管它包含ST5（RT 023）这一特殊菌株——兼具产毒及产CDT特性，但实验室检测难度较大。分支4（C4）包含ST37（RT 017）菌株，尽管ST37缺少毒素A基因，但它仍是亚洲大部分地区CDI地方性流行的主要病原体。分支5（C5）包含多个产CDT菌株，包括ST11（RTs 078、126等），这些菌株已在全球畜禽养殖领域中广泛流行。cryptic分支（C-I、C-II 和 C-III)自2012年首次报道以来，已从临床和环境样本中分离到50多种ST型，但这些菌株的进化机制尚未明确。C-I菌株可引起CDI，但由于其毒素基因结构不典型，现有方法不容易检测到，导致该类菌株流行率被远远低估。
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